Fakultät für Informatik der Technischen Universität München Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 Mün;chen

Übungen zur Vorlesung
Algorithmische Bioinformatik

Hinweise zum Übungsbetrieb:

	Leitung: Jens Ernst
	Zeit und Ort: Do 15h s.t. - 16:30, Hörsaal 0601 Beginn am 25. Oktober
	Abgabe: In der Regel donnerstags in der Übung.
	Leistungsnachweis: Einen Schein erhält, wer die Semstralprüfung erfolgreich absolviert. Um zur Semestralprüfung zugelassen zu werden, sind die Übungen regelmäßig zu besuchen, und es sind mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben zu erreichen.

Informationsblätter

	Infoblatt 1		aktualisierte Fassung
	Infoblatt 2

Übungsblätter und Lösungsvorschläge

	Übungsblatt 1	Lösungsvorschlag 1
	Übungsblatt 2	Lösungsvorschlag 2
	Übungsblatt 3	Lösungsvorschlag 3 (vorfäufige Lösung)
	Übungsblatt 4	Lösungsvorschlag 4 (vorfäufige Lösung)
	Übungsblatt 5	Lösungsvorschlag 5 (vorfäufige Lösung)
	Übungsblatt 6	Programme zu Blatt 6 s.u.
	Übungsblatt 7	Lösungsvorschlag 7
	Übungsblatt 8	Lösungsvorschlag 8
	Übungsblatt 9	Lösungsvorschlag 9
	Übungsblatt 10	Lösungsvorschlag 10
	Übungsblatt 11	Lösungsvorschlag 11
	Semestralklausur	Lösungsvorschlag

Sonstiges

	C-Programm für die naive Methode
	C-Programm für KMP
	C-Programm für Boyer-Moore mit Bad-Character-Rule
	C-Programm für Boyer-Moore mit Strong-Good-Sufix-Rule
	C-Programm für Boyer-Moore mit Bad-Character-Rule und Strong-Good-Suffix-Rule
	Aminosäuredaten für A.Thaliana (gzipped, 1.8MB) mit Suchmuster
	DNA-Daten für A.Thaliana (gzipped, 8.2MB) mit Suchmuster
	DNA-Daten für Chromosome I (gzipped, 11.2MB) mit Suchmuster der Länge 10
	DNA-Daten für Chromosome I (gzipped, 11.2MB) mit Suchmuster der Länge 15

Die Programme erwarten ihre Eingabe von stdin. Dabei sind Zeilen mit > am Anfang Kommentarzeilen (wie in vielen Datenbanken), und Zeilen (besser Zeile) mit % am Anfang defienieren den Suchstring. Der Aufruf erfolgt also z.B. mit ./kmp < daten.faa. Da die Daten recht groß sind, kann man sie auch gzipped liegen lassen und ruft dann gzip -dc daten.fna | ./kmp auf.